کهن‌ترین بنای شهر یزد «بقعۀ دوازده امام» نام دارد. به استناد کتیبۀ حک شده بر دیوار غربی بنا، فرمان ساخت این بقعه را دو برادر به نام‌های ابونجم و ابویعقوب در رمضان 429 قمری صادر کرده‌اند (بلر، 1394ش، ص165). این دو تن از سپهسالاران دودمان آل کاکویه بودند. دودمانی شیعی که به استناد سکه‌‌های ضرب شده، خطۀ یزد را از 408 قمری به زیر نگین داشته و در 432 قمری با «کشیدن باروئی گرد یزد»، «ساختن چهار دروازه و درهای آهنین» و «بنا کردن مسجد جمعه» به یزد موجودیتی شهری بخشیدند (جعفری، 1384ش، صص35 و 36).
در باب وجه تسمیۀ بقعۀ دوازده امام، دو قول بیان شده است. یکی آنکه اطلاق این نام به جهت گرایش‌های شیعی آل کاکو بوده است و محقق سرشناسی به نام شیلا بلر، این بنا را شاهدی بر گسترش تمایلات شیعی و باور به ظهور منجی می‌داند (بلر، 1394، ص171) وی در خصوص نوشته شدن آیت‌الکرسی در این بنا چنین توضیحی ارائه کرده است: «این آیه بر مفهوم خدایی یگانه و زنده تاکید دارد و یادآورِ باورِ شیعیان دوازده‌امامی به امام زنده است؛ امامی غائب که در آخرالزمان ظهور خواهد کرد. او غایب ولی زنده است و کسانی او را دیده‌اند. این آیات قرآن برای بنایی که به یادبود دوازده امام ساخته شده بسیار مناسب می‌نماید» (همان، ص170).
قول دیگر دربارۀ نامیدن این بقعه به دوازده‌امام، به نصب بودن کتیبه‌ای مشتمل بر نام ائمه و بزرگان شیعه در این بنا باز می‌گردد. کتیبه‌ای که تا یکی دو دهه پیش در این بنا نصب بوده و به رؤیت پژوهشگرانی همچون زنده‌یاد ایرج افشار (1374ش، ج2، ص315)، مرحوم عبدالله قوچانی (1383ش، ص 16) و فاطمه دانش یزدی (1387ش، ص146) نیز رسیده است. اما متاسفانه این کتیبه توسط سارقان فرهنگ به سرقت رفته و اکنون به سرنوشت نامعلومی دچار شده است.
اخیرا با انتشار اسناد تصویری مهندس عادل فرهنگی در وبسایت فرهنگی نوروزگان، تصویری کمتر دیده شده از این کتیبه انتشار یافته که در سال 1378 گرفته شده است. متن کتیبه بدین شرح است:
حاشیۀ اول: بسم الله الرحمن الرحیم. الله لا اله الا هو الحی القیوم لا تأخذه سنة و لا نوم له ما فی / السموات و ما فی الارض من ذا الذی یشفع عنده الا باذنه یعلم ما بین / ایدیهم و ما خلفهم و لایحیطون بشیء من عمله الا بما شاء وسع کرسیه السموات و الارض و لا یؤده حفظهما و هو العلی العظیم (البقره / 255)
حاشیۀ دوم . قسمت‌های لچکی: اللهم صل علی محمد المصطفی و علی المرتضی و فاطمة الزهرا و خدیجة الکبری و الحسن الرضا / و حسین شهید بکربلا و علی زین العابدین و محمد الباقر / و جعفر الصادق و موسی الکاظم و محمد التقی و علی النقی و حسن العسکری و حجة القائم المهدی صلوات الله علیهم اجمعین
پیشانی: کل نفس ذائقة الموت
متن: هذا مرقد / الشیخ الربانی ولی / الله الوالی بایزید / الوقت فخر الملة و الدین ××× / الاسفنجردی قدس / الله روحه توفی فی عشرین / محرم سنة سبع و عشرین و سبعمایه
نگارنده: میثم صادقی تورانپشتی